1、股东大会往往被少数大股东控制，中小股东所有者缺位

由于普遍存在一股独大的股权结构，股东大会往往被少数大股东控制，严重影响社会公众参与公司决策的积极性，同时，中小股东的权利意识也比较淡薄，再加上行使权利的成本太高，中小股东广泛存在搭便车的意识，流通股股东参加股东大会的比例很低，各种旨在维护中小股东权益的制度没有被充分利用起来，中小股东尚不能通过这些机制为自己争得发言权。这种中小股东所有者缺位现象对完善公司治理将造成不良后果。由于中小股东所有者缺位，致使上市公司的监督机制难以发挥作用。股东大会、董事会、高级管理层之间相互制约的关系遭到破坏，取而代之的是大股东的利益膨胀。

此外，上市公司的生产经营是一种委托经营，是以信任为基础的。由于中小股东所有者缺位导致的中小股东权益得不到保障，将降低中小股东对上市公司的信任，从而极大地打击中小股东投资的积极性，影响证券市场健康发展。

2、控股股东侵犯中小股东权益

由于股东之间对公司的影响能力存在巨大差异，往往导致控股股东对公司的完全控制。当控股股东对公司具有实质上的支配地位的时候，在资本多数决定原则的作用下，控股股东能将其自身的意思表示以公司意思表示的面目表现出来，从而产生了控股股东以其自身利益取代公司利益而置公司利益和其他股东利益于不顾的可能性，若没有相应的制度加以保障，中小股东权益受损几乎是不可避免的。

相当一部分公司大股东交叉任职，权力难以制衡，即使设立独立董事，由于产权不明，高层管理人员与独立董事很容易形成高层共谋，造成公司决策缺乏公正性保障，给大股东侵害公司和中小股东权益提供了便利条件。

3、公司内部制约机制失衡

监事会是公司的必设机构之一，其设立的目的在于作为公司内部制约机制的重要组成部分，监督董事会及管理层人员的日常运作，我国《公司法》对监事会制度做出了规定，然而仅规定监事会享有广泛的监督权，并未对其行使监督的方式、程序以及董事会等不配合时的救济方式等做出具体规定，使得监事会空有其表，徒有虚名。

股东大会作为监督董事会运作的另一组织，也因公司法自身的缺陷而流于形式，实际操作中，股东大会并非是一个常设机构，故而对公司的经营管理并不完全了解，并且在股东大会闭会期间，董事会全面负责对公司的经营管理，所以，董事会实质上拥有了公司控制权，很难指望股东大会对董事会进行有效监督。