1、承包的用地面积小于实际用地面积的情况以实际情况为标准。

2、已被合法占用并拿到补偿的土地直接从确权登记的土地面积上减出来

3、无法复垦的承包地按原面积和用途确权，比如：荒废已久的土地就不计算在内了

4、用作公益用地的情况处理，什么叫做公益地呢？如：村组内所建公路、机耕路、塘、坝、渠、学校、办公室等生产公益事业占用的承包地。其中处理分为两点：已办理征用手续并给与补偿的，不在计入承包地；未享受一次性补偿的，仍按原农村二轮可承包面积确权登记，在到户清册备注栏中注明情况。

5、二轮承包后村里又有调整过土地的，这个处理方法是在不违背政策的前提下，由村民组织实行民主协商解决，可依据土地承包现状予以确权登记颁证。

6、未获得审批而先出行建设改变用途的，一律不予进行确权处理。

土地确权登记的原则

（一）坚持确保稳定的原则。不允许借确权登记推翻原有承包关系，重新调整或收回农民的承包地。在第二轮土地承包中没有明确承包关系的，如开荒地、自留地、园地等非承包耕地，原则上暂不列入此次确权范围。

（二）坚持实事求是的原则。对第二轮延包以来，农户之间承包地互换、转让的要及时变更，对农户承包地实际面积与账证不符的要结合当地实际，依据有关法律政策计入账证。如因建房、修路、国家征用、自然灾害、水库淹没等原因而减少的承包耕地，减少部分不纳入确权登记颁证范围，只登记现有承包耕地。以一人一权、不重复重叠为原则，一个村民不能同时在两个或两个以上承包户作为经营权共有人。切实维护妇女的土地承包权益。

（三）坚持尊重历史的原则。对于第二轮承包时出现的等级高的土地以少顶多，等级低的土地以多顶少，造成的实际面积与账证面积不符的，以实测面积登记颁证。对于侵占蚕食用于耕种的林地，不能作为耕地进行登记。依法属于水利工程管理范围内的耕地、林地及河道内滩地不列入确权登记范围。

（四）坚持民主协商的原则。清查、确权、登记的每一个环节遇到困难和问题都应该实行民主协商，坚决杜绝发包方独家操作。