绿灯闪烁停在斑马线上不会扣分。绿灯闪的时候整个车子停到斑马线上不算闯红灯,不扣分。但如果是在红灯时,停在斑马线上又继续行驶时,会被公安机关交管部门处以警告或者二十元以上二百元以下的罚款,同时也会被扣分。
《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第三十八条
机动车信号灯和非机动车信号灯表示:
绿灯亮时,准许车辆通行,但转弯的车辆不得妨碍被放行的直行车辆、行人通行;
黄灯亮时,已越过停止线的车辆可以继续通行;
红灯亮时,禁止车辆通行。
在未设置非机动车信号灯和人行横道信号灯的路口,非机动车和行人应当按照机动车信号灯的表示通行。
红灯亮时,右转弯的车辆在不妨碍被放行的车辆、行人通行的情况下,可以通行。