城镇规划区的由县(区)规划部门承担，乡村规划区的由乡镇政府承担，乡镇政府不能独立完成的，区规划部门派人员参与指导调查。

规划部门调查取证工作完成后，根据相关法律、法规，对涉案房屋作出是否属于违章建筑的认定。乡镇政府的调查取证工作资料要报县级规划部门审查指导。

属于程序性违章建筑，可以要求限期改正及罚款，补办相关行政许可手续;违反城乡规划的建筑，属于实体性违章建筑，作出《责令限期拆除违章建筑决定书》。