甲建筑工程公司与乙公司签订《建设工程施工合同》一份，约定由甲建筑工程公司承包乙公司三层生产综合楼的土建、水电预埋工程，双方就工程造价、工程质量、付款方式及违约责任等事项作了约定。同时还约定，履行本合同所发生的一切争议均由工程所在地仲裁委员会仲裁解决。

合同订立后，甲建筑工程公司按约进行了施工，乙公司也按工程进度支付了大部分工程款，当甲建筑工程公司施工完毕后，乙公司以该工程存在质量问题为由拒付工程余款。为此，甲建筑工程公司依据合同中的仲裁条款，向工程所在地仲裁委员会申请仲裁，要求乙公司向其支付工程款人民币18万余元及违约金人民币15万元，并承担所有仲裁费用。仲裁委员会受理本案后，依法组成仲裁庭。

仲裁庭在首次开庭审理本案过程中，双方当事人及代理人均到庭参加了庭审。期间，乙公司以部分工程存在严重渗漏等施工质量问题，向仲裁庭提交了仲裁反请求申请书，要求确认甲建筑工程公司所建的该工程存在质量问题，甲建筑工程公司应赔偿乙公司由此而产生的一切损失，仲裁费用应由甲建筑工程公司承担。仲裁庭经研究决定受理乙公司的仲裁反请求，并将仲裁本请求和仲裁反请求合并审理。

休庭期间，仲裁庭依据双方当事人的申请，将工程质量及工程造价委托相关部门予以审核、鉴定。在相关部门对此作出审核、鉴定报告后，仲裁庭第二次开庭审理了本案，同时听取了双方当事人对相关报告的质证意见。

事后，乙公司告之仲裁庭：

1.其于近日因并入丙公司而被注销；

2.人民法院已受理丙公司对本案提出管辖异议。

同时，其还向仲裁庭提供了相关工商资料和人民法院的受理通知书。丙公司在向法院提出管辖异议的申请中认为，该公司与甲建筑工程公司之间并无仲裁协议，且乙公司因被并入该公司而被注销，因此，仲裁委员会对本案已无管辖权。