补充住房公积金制度是住房公积金制度的一种补充，两者的基本特征是相同的，都是一种长期的住房储金，用于职工的住房消费，属于职工个人所有。但两者的区别在于：住房公积金是强制缴存的，补充住房公积金是根据单位的效益情况，由单位确定是否缴存。住房公积金适用于全市各个单位和职工，补充住房公积金只适用于企业和自收自支的事业单位。住房公积金的缴存比例全市是统一的，补充住房公积金的缴存比例在规定的幅度（1999年7月1日起定为1%～8%）内由单位自主决定。住房公积金每月缴存额有上下限规定，目前上限为330元。补充住房公积金则没有每月缴存额上下限的规定。住房公积金个人缴存部分可以在个人所得税前支付，但补充住房公积金个人缴存部分则应纳入个人所得税的纳税基数。