本罪与非法转让、倒卖土地使用权罪都是与土地管理有关的犯罪。二者的不同在于：

(1)客体不同。本罪侵害的是国家对土地特别是耕地进行保护的管理制度;而非法转让、倒卖土地使用权罪侵害的则是国家对土地使用权合法转让的管理制度。

(2)犯罪客观方面不同。非法占用耕地罪是结果犯，表现为违反土地管理法规，非法侵占耕地，数量较大，造成大量耕地毁坏的行为。非法转让、倒卖土地使用权罪则是情节犯，表现为违反土地管理法规，实施了非法转让、倒卖土地使用权，情节严重的行为。

(3)对二者的处罚虽都采取了判处有期徒刑和罚金的刑罚方法，但前者没有明确确定的罚金标准;而后者则采取的是倍比罚金制的方式以确定罚金的标准。

非法占用农地与非法批准界限

非法占用农用地罪、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪的界限：此三罪相同之处都是与土地资源有关;并且在主观方面均表现为故意。不同之处表现为：

(1)侵害的客体不同。非法占用耕地罪的客体是对耕地的法律保护制度;而非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪所侵害的客体均为国家机关工作人员职务行为的廉洁性和正当性。

(2)客观方面不同。非法占用耕地罪在客观上表现为违反土地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的行为，而非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪在客观上都表现为徇私舞弊，违反土地管理法规，滥用职权。

(3)主体不同。非法占用耕地罪的主体是一般生体，而非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪的主体是特殊主体，即国家机关工作人员。