首先简要的说明一下两者的区别，十三薪即年底双薪，它的发放数额计算方法是：若单位有这方面的规定则按规定执行，没有的话司法实践中按职工当年平均工资作为计算基数，而年终奖的发放数额则由公司决定，具有不确定性。

其次，两者的个税计算方法也有很大的区别。十三薪应与当月的工资合并计算个人所得税，而年终奖则不与当月的工资合并可单独计算个人所得税。所以，从节税上来说，给员工发放年终奖更划算。

举例来说，某公司一职工的月工资为6000元，若年底十三薪年底应缴纳的个税为：(6000+6000-5000)*20%-555=845

年终奖的由来

奖金对于员工来说是一种物质奖励。如果员工的绩效优良，工作成绩突出，为企业的发展做出了贡献，就应该给予奖励，一来是对员工努力上的承认，二来激励员工继续努力工作，实现更佳的工作表现。年终奖在不同的单位有不同的发放形式，除了一般意义上的“红包”外，有的是股票分红，有的是“双薪”，有的是提成，有的是奖金。但是.企业在发放年终奖的时候考虑的并不简单，有的目的很明确，就是为了奖励员工们在一年当中所付出的劳动，但也有一些企业发放年终奖的时候是不得已而为之。