合同的合法性一般是由人民法院或仲裁机构来审查的。例如，合同存在因重大误解订立的或者在订立合同时显失公平的或存在其他效力瑕疵情形的，当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。由谁审查合同的合法性的法律依据

《民法典》第一百四十七条

基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。

第一百四十八条

一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。

第一百五十条

一方或者第三人以胁迫手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。

第一百五十一条

一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。

《中华人民共和国民法典》：第六章　民事法律行为 第三节　民事法律行为的效力　　第一百四十七条　基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。