第一，法定性不一样。公司章程依法是必须制定的，而股东合伙协议则法律没有要求股东必须签署，在法律规定的范围内，股东合伙协议是可有可无的。

第二，约束的对象不同。股东合伙协议主要是对签署协议的各方股东有约束力，而章程则是对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力，两个文件约束的对象不一样，似乎公司章程更为宽泛一些，即便是没有参与制定的公司、董事、监事、高级管理人员也是需要受到它的约束的。

第三，隐私保护程度不同。股东合伙协议不需要公开，也不需要到公司登记部门备案，仅仅是在股东之间保存即可，具有较强的隐私性，对于股东之间的隐私具有很强的保护性。即便是存在股权代持的问题，实际投资人之间签署了股东合伙协议，但是在公司章程里面备案的股东姓名、名称以及在公司登记部门登记的股东姓名、名称可以不是真实的投资者，可以由他人作为名义股东，成为实际出资人的股权的代持人。

股东共同制定公司章程。

设立有限责任公司的股东应当共同制定公司章程。《公司法》第二十五条规定：有限责任公司章程应当载明下列事项：

（1）公司名称和住所；

（2）公司经营范围；

（3）公司注册资本；

（4）股东的姓名或者名称；

（5）股东的出资方式、出资额和出资时间；

（6）公司的机构及其产生办法、职权、议事规则；

（7）公司法定代表人；

（8）股东会会议认为需要规定的其他事项。

公司法所列举的前七个事项都属于公司章程必须记载的事项，这一规定属于强制性规范，不记载或者记载违法者，章程无效。

《中华人民共和国民法典》第四百六十四条合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。

婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。