股权转让协议无效的处理方式是：转让人需要向受让人返还转让的价款，受让人需要向转让人返还股权。另外，有过错的当事人还要根据本人的过错程度，向对方承担赔偿责任。各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。

二、合同被确认无效时如何处理

合同被确认无效时的处理方式是：1、合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分继续有效；2、当事人因合同取得的财产，要互相返还，不能返还的，要折价赔偿；3、有过错的当事人，要按过错程度，赔偿对方所受的损失。根据2021年实施的《民法典》第一百五十六条规定，民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。第一百五十七条规定，民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。