擅自发行股票、公司、企业债券罪的惩罚有：

1、自然人犯此罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金；

2、单位犯此罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。

本罪和擅自发行股票、公司、企业债券罪的界限

擅自发行股票、公司、企业债券罪，是指未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的行为。两罪的区别主要表现在客观行为方式的不同：擅自发行股票、公司、企业债券行为方式表现为未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券的行为；非法经营罪行为方式表现为未经国家有关主管部门批准，非法经营证券、期货或者保险业务的行为。关于如何定罪在《关于整治非法证券活动有关问题的通知》中有较为具体的规定（在分析共犯问题的部分己有引用）。

《刑法》第一百七十九条

未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金。

单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。