根据《国家税务总局关于调整新增企业所得税征管范围问题的通知》(国税发〔2008〕120号)第二条第四项规定，既缴纳增值税又缴纳营业税的企业，原则上按照其税务登记时自行申报的主营业务应缴纳的流转税税种确定征管归属;企业税务登记时无法确定主营业务的，一般以工商登记注明的第一项业务为准;一经确定，原则上不再调整。

因此，企业主营业务的变更并不改变企业所得税的管理税务机关，企业所得税年终汇算清缴还是在地税部门办理。