首先最大的不同是现在往往有些地方打着土地流转的幌子，以极低的价格从农户手中租来土地，在没有任何许可的情况下擅自改变土地的用途，比如发展房地产、建企业加工厂等等，不仅触犯了法律、甚至对土地造成不可恢复的破坏，更极大的损害了农户的合法权益。

土地流转和以租代征都是租用土地，农户往往难以区分，两者之间最大的区别主要是下面这几点

区别一：流转的土地是不能改变土地使用用途的，如果是基本农田甚至不能用做养殖，更不能用来搞房地产或者盖别墅等等。因为利益的驱使，往往租来的土地就是搞房地产开发的。

区别二：土地流转必须是自愿的、不能强迫农户进行流转，更不能用欺骗和暴力等违法手段进行流转，这样流转的土地也不受法律保护的。

区别三：土地流转的收益完全归承包方所有，这样也是为了保护农户的利益，因为往往流转土地后农户就失去了稳定可靠的生活来源只能另谋出路，这些土地收益能让农户有所补偿。

区别四：以租代征是明确的违法行为，规避了耕地占补平衡，踩了18亿亩耕地的红线，规避了建设用地的总量控制，以此为基础所有后续的开发都不能得到法律的保障。

以租代征危害大，就算对于租用的企业来说也未见得就是只有好处。首先这些行为都是违法行为，在这些土地上的建筑也都是违法建筑，随时随地都有被拆除的风险，如果一旦被拆除损失也是难以估量。

相关法律规定

《中华人民共和国土地管理法》

第七十三条买卖或者以其他形式非法转让土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门没收违法所得;对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施;可以并处罚款;对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任。

第七十六条未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款;对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任。

超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。