作废专用发票时，在防伪税控系统中需将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票(含未打印的专用发票)各联次上注明“作废”字样，全联次留存即可。与作废专用发票相比，开具红字专用发票较为复杂。根据实际业务需要，可以分为购买方申请开具和销售方申请开具两种情况，其处理流程不同，具体如下：

(一)购买方申请开具

1、前提条件

当出现以下情况时，应由购买方申请开具红字专用发票：

(1)一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件(同时符合：当月、未抄税、未认证或认证不符三个条件)的;

(2)因销货部分退回或发生销售折让的。

2、开具流程

(1)购买方应向主管税务机关填报《申请单》。《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。

经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。

经认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，一般纳税人在填报《申请单》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。

《申请单》一式两联：第一联由购买方留存;第二联由购买方主管税务机关留存，且《申请单》应加盖一般纳税人财务专用章。

(2)购买方主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，通过红字增值税专用发票通知单管理系统开具《开具红字专用发票通知单》。(以下简称通知单)

《通知单》应与《申请单》一一对应。《通知单》一式三联：第一联由主管税务机关留存;第二联由购买方送交销售方留存;第三联由购买方留存。

《通知单》应加盖主管税务机关印章。

《通知单》应按月依次装订成册，并比照专用发票保管规定管理。

(3)购买方将《通知单》交予销售方

购买方税务机关开具《通知单》后将《通知单》交给购买方，购买方将《通知单》传递给销售方。

(4)销售方开具红字专用发票

销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。红字专用发票应与《通知单》一一对应。

进项税额转出要求

购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，可视不同情况按照以下要求掌握：

(1)对《通知单》所对应的蓝字专用发票已认证抵扣的，购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证;

(2)对《通知单》所对应的蓝字专用发票已认证未抵扣的，购买方先列入当期进项税额，再暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证;

(3)对《通知单》所对应的蓝字专用发票认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”及“无法认证”的，不作进项税额转出。

(二)销售方申请开具

1、前提条件

当出现以下情况时，应由销售方申请开具红字专用发票：

(1)因开票有误购买方拒收专用发票的;

(2)因开票有误等原因尚未将专用发票交付购买方的。

值得注意的是，两种条件下对应的申请时限不同。因开票有误购买方拒收的，销售方须在专用发票认证期限内提出申请;尚未交付的，销售方须在开具有误专用发票的次月内提出申请。

2、开具流程

(1)销售方提交申请单

销售方须在规定期限内向主管税务机关填报《申请单》，并在《申请单》上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由购买方出具的写明拒收理由或由销售方出具的写明具体理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料。

(2)销售方税务机关开具通知单

销售方税务机关根据纳税人提交的申请单，审核后通过红字增值税专用发票通知单管理系统开具通知单。

(3)销售方开具红字专用发票

销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。红字专用发票应与《通知单》一一对应。

(三)小结

(1)开具红字专用发票的流程图如下：

1、红字专用发票不需认证

根据《关于修订的通知》(国税发[2006]156号)第十八条和《关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》(国税发[2007]18号)第三条，购买方取得销售方开具的红字增值税专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。红字专用发票暂不报送税务机关认证。

2、超认证期限无法开具红字专用发票

根据《关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》(国税发[2006]156号)和第十四条的规定，《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。

因此，对已在认证期限内进行认证的专用发票开具红字专用发票没有时间限制。企业可以根据自己的业务情况在取得主管税务机构开具的《通知单》后开具红字专用发票。但超过90天(2010年1月1日以后开具的发票为180天)认证期限未认证的专用发票，无法取得《通知单》，自然无法开具红字专用发票。

一、如果发票遗失怎么办专用发票丢失

一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》（附件1、2，以下统称《证明单》），作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。