1、缴费方式不同

社保主要分为城镇居民社保和城镇职工社保两种，其中城镇居民社保是由自己承担全部费用的，而城镇职工社保则由单位和个人各承担一部分，但是新农合的费用一般都是由个人承担的，也有的情况下国家会补助一部分，但一般经济发展情况不同补助的标准也不一样。

2、缴费标准不同

社保的缴费标准和个人的薪资水平有着很大的关系，一般如果你的平均工资水平高的话社保也交的多，平均工资水平相对较低的话，那么社保需要交的钱就会相应的少点，而且是每月需要缴纳的，但新农合每年只需要缴纳一次，另外缴费标准虽然每年都在上涨，但按照今年缴费标准情况一般新农合费用每人每年缴纳金额为220元，但这仅作为参考，因为不同地区缴费标准当然也有所不同。

3、参保年限不同

社保主要包括养老保险、医疗保险、工伤保险、生育保险和失业保险5项，一般情况下社保其中的养老保险则需连续缴纳满15年，另外医疗保险男性参保年限需满25年，女性则需满20年，社保中的失业保险缴费需要满1年以上才能享受失业保险待遇，新农合则是一年交一次费用，按照目前情况国家并没有设定新农合的参保年限，因此没有社保那么多要求，只要交了便可以享受到报销待遇，不交的话则享受不到。

4、报销比例不同

社保的缴纳得多，相应的报销比例也相对于新农合要更高，一般报销比例为70-80%左右，而新农合报销比例相对较低一般为50-70%左右，如果是异地报销的话则报销比例可能就只有30-40%了，另外新农合与社保还有一点最大的不同是新农合农民如果当年不使用的话到了第二年则需重新交钱，社保中包括的医疗险等退休时，能靠社保每个月领取到固定的退休金，但新农合是没有这个福利的。