军人诉讼离婚的两个孩子分配根据具体情况而定。双方可以先协议商定，协议不了的可以起诉法院。法院会根据双方的经济能力、教育背景、生活条件、居住环境和身体状况等综合判定。一般两周岁以内的孩子法院会判决由女方直接抚养。两周岁以上的以更有利于孩子成长为原则进行判决。双方还可以协商轮流抚养或者共同抚养。

诉讼离婚流程

第一阶段：起诉阶段

1、原告向人民法院递交起诉书、副本及相关的证据；

2、人民法院接受原告提交的文件、材料，进行审查；

3、经审查起诉符合法律规定、要求，作出受理决定并立案，反之则退回原告文件及材料，并告之不予受理的理由

第二阶段：答辩阶段

1、人民法院决定立案之日起五日内将原告的起诉书副本送达被告，并告知被告作出书面答辩；

2、被告自收到法院送达的起诉书副本之日起十五日内作出书面答辩，当然被告可以不答辩，被告需要延长答辩期的向法院申请。

被告和原告的权利可以看法院送达的告知书。

第三阶段：开庭审理阶段

主要是开庭审理，离婚诉讼原告应当到场，如果开庭被告不到的，会延期开庭一次。开庭时候，双方对提交的证据和事实进行辩论和阐述。一般离婚诉讼的庭审分为如下过程：

法庭调查法庭辩论法官调解双方总结

法院判决或者调解成功的发调解书。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。