本案中，物流公司作为承运人应当在约定期间或合理期间内将货物安全运输到约定的地点，并予以交付，托运人或者收货人应支付物流公司相应的运费。但乙公司明确拒绝支付运费，根据法律规定，当事人约定由第三人向债权人履行债务，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定，债务人应当向债权人承担违约责任。因此应由甲公司向物流公司支付运费，而甲公司则可根据与乙公司在购销合同中就运费的约定，向乙公司另行主张该费用。最终，法院判决甲公司支付物流公司运费18000元，驳回物流公司的其他诉讼请求。

根据《民法典》第522条规定，当事人约定由债务人向第三人履行债务，债务人未向第三人履行债务或者履行债务不符合约定的，应当向债权人承担违约责任。本案中，货物运输合同的双方为托运人甲公司和承运人物流公司，收货人为乙公司。约定“到付”的情况下，虽然按照行业惯例是运费由收货人承担的，但在收货人拒绝支付运费时，物流公司应根据货物运输合同向托运人主张。所以运费的给付义务应该由甲公司承担，法院判决甲公司支付物流公司运费18000元。

在货物运输关系中，承托双方对于运费支付的约定应予重视。运费预付对于承运人来说是权利的保障，当然承托双方约定运费到付时，则需要做好风险把控。通过对货物的流转以及有效沟通使得运费能够及时收取，当然在存在争议的情况下，及时协商解决，无法解决的则需要法律的介入，厘清责任。