1、开庭审理申请没收违法所得的案件，按照下列程序进行：

(一)审判长宣布法庭调查开始后，先由检察员宣读申请书，后由利害关系人、诉讼代理人发表意见；

(二)法庭应当依次就犯罪嫌疑人、被告人是否实施了贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪并已经通缉一年不能到案，或者是否已经死亡，以及申请没收的财产是否依法应当追缴进行调查；调查时，先由检察员出示证据，后由利害关系人、诉讼代理人出示证据，并进行质证；

(三)法庭辩论阶段，先由检察员发言，后由利害关系人、诉讼代理人发言，并进行辩论。

2、法律依据：《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》

第六百二十条开庭审理申请没收违法所得的案件，按照下列程序进行：

(一)审判长宣布法庭调查开始后，先由检察员宣读申请书，后由利害关系人、诉讼代理人发表意见；

(二)法庭应当依次就犯罪嫌疑人、被告人是否实施了贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪并已经通缉一年不能到案，或者是否已经死亡，以及申请没收的财产是否依法应当追缴进行调查；调查时，先由检察员出示证据，后由利害关系人、诉讼代理人出示证据，并进行质证；

(三)法庭辩论阶段，先由检察员发言，后由利害关系人、诉讼代理人发言，并进行辩论。

利害关系人接到通知后无正当理由拒不到庭，或者未经法庭许可中途退庭的，可以转为不开庭审理，但还有其他利害关系人参加诉讼的除外。

一、没收违法所得相关的规定

1、没收违法所得就是指行政机关用国家法律法规强制的一些措施将违法行为人所得的违法财物的所有权进行强制性的剥夺，是一种强制性的处罚方式。

2、违法所得是按照哪个管理，那个负责的处理原则来办理的。违法所得一般是通过两种方式来产生的，一种是行政处罚法规定的没收违法所得，这个是行政处罚的的一种，就是对行政违法行为人进行一次法定的制裁；还有一种是刑事上的途径，就是司法机关认定一种违法所得。但是这两种方式不是独立的，在一定情况下可以相互转化：

行政处罚法中有相关规定：违法行为如果构成了犯罪，行政机关就需要把案件移送给司法机关，还需要依法追究违法行为人的刑事责任。

刑事诉讼法也相关规定：人民检察院需要对被不起诉人作出行政处罚或者是行政处分，有时候还需要没收违法行为人违法所得的财物，此外，人民检察院还应当提出检察的意见，然后再移送给有关的主管机关，有关主管机关处理以后再将处理的结果通知到人民检察院。

3、关于没收违法所得金额有相关的计算规定。首先我们必须先弄清违法所得和相关概念的一些不同，把两者区分开来，避免不必要的计算错误；然后，我们还要查证违法财物是不是属实，调查取证要做到全面和准确。在计算违法所得的时候，要依据事实，不要主观的猜想。调查取证的过程中要做到全面调查和客观公正。也就是要全范围的收集资料，一方面要认真的听取当事人的意见，并且要以事实的真相为依据，不要加入个人的情感，此外，务必要排除外界因素的干扰。对于其他收集到证据，比如是物证、证人证言、视听资料以及当事人陈述等等，一定要再三的查证和核实。当然，在实际的工作中还要特别注意保存好原始的检查笔记和询问笔录。