所在地具有监督管理权限的部门，飞行检查作为一种不提前告知的检查，由于检查时间不可预知、随机，因此，被检查对象事先不可能做任何准备工作，现场所看到的情况是生产经营真实状况，容易暴露问题和隐患。飞行检查最早应用在体育竞赛中对兴奋剂的检查，指的是在非比赛期间进行的不事先通知的突击性兴奋剂抽查。1991年，国际奥委会特别通过了一项议案，率先在其医学委员会下成立了赛外检查委员会。

《药品GMP飞行检查暂行规定》第二条药品GMP飞行检查是药品GMP认证跟踪检查的一种形式，指药品监督管理部门监管需要随时对药品生产企业所实施的现场检查。第三条国家食品药品监督管理局药品生产监督管理的需要组织实施飞行检查。飞行检查主要针对涉嫌违反药品GMP或有不良行为记录的药品生产企业。