应该是分包先交税先开，然后总包开全额，扣除分包款交税。这只是涉及增值税，所得税按照税法正常核算跟营改增没关系。

按照《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)，建筑业采用简易计税，可扣除分包差额计税，一般计税时应全额纳税，但可以抵扣进项。简易计税平移了营业税的差额纳税政策。

在建筑业“营改增“的初期，从不增加施工企业税收负担的角度出发，可以根据项目开票的不含税金额的3%预征(专用发票仍然是根据建筑业一般纳税人的适用税率开具)。

在建筑业、房地产业“营改增“之后，增值税应该是由国家税务机关征收，因此建议税务机关根据建筑业、房地产业的特点，仍然实行项目管理。其实在抓好了建筑业项目管理的同时，也就抓好了房地产开发企业的项目管理。

同时规定，施工企业在项目竣工验收之后的“某一规定时间”(如90天、180天)之内，必须进行项目的增值税清算。

建筑业“营改增”之后，应该不再存在“双包工程”与“清包工程”之分，所有工程材料都应该由建筑施工企业采购并取得建筑材料发票(前提是满足房地产开发企业对采购材料品质要求)。

相关知识：营业税改增值税的征收范围

营业税改增值税主要涉及的范围是交通运输业以及部分现代服务业;

交通运输业包括：陆路运输、水路运输、航空运输、管道运输。

现代服务业包括：研发和技术服务、信息技术服务、文化创意服务、物流辅助服务、有形动产租赁服务、鉴证咨询服务。