鉴定机构不是只能由法院指定。根据法律规定，当事人申请鉴定经法院同意后的，可以由双方当事人协商确定鉴定机构，如果协商不成的，再由法院指定。相关法律可参考：《民事诉讼证据规定》第二十六条当事人申请鉴定经人民法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成的，由人民法院指定。

（一）鉴定机构和鉴定人员的确定方式当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人；协商不成的，由人民法院指定。当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。

（二）申请重新鉴定的法定情形当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：第一，鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的；第二，鉴定程序严重违法的；第三，鉴定结论明显依据不足的；第四，经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。对有缺陷的鉴定结论，可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决，不予重新鉴定。

（三）自行鉴定的效力一方当事人自行委托有关部门作出的鉴定结论，另一方当事人有证据足以反驳并申请重新鉴定的，人民法院应予准许。

（四）鉴定人的出庭义务当事人对鉴定意见有异议或者人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为认定事实的根据；支付鉴定费用的当事人可以要求返还鉴定费用。

（五）专家辅助人当事人可以申请人民法院通知有专门知识的人出庭，就鉴定人作出的鉴定意见或者专业问题提出意见。鉴定机构不是只能由法院指定。根据法律规定，当事人申请鉴定经法院同意后的，可以由双方当事人协商确定鉴定机构，如果协商不成的，再由法院指定。