公司成立时，设立协议可能已经全部履行，但也可能是部分履行。有些条款，特别是关于公司成立之后的法律事项，如有关公司合并、分立、解散、清算等到事项的约定尚不可能履行。但由于这些事项作为公司组织自身的法律关系已经转换为《公司法》规范的对象，或称为公司章程规定的内容，因而设立协议中未履行的条款也同样终止。

需要注意的是，如果对于相同的法律事项，设立协议与公司章程有不同的规定，无疑设立协议应该让位于公司章程，自然失效。如果设立协议中有公司章程未涉及但又属于公司存续或解散之后可能会遇到的事项，相应的条款可继续有效，但效力只应限于签约的发起人。

设立协议的终止也不意味着其不再具有任何法律意义，如同其他已经终止的合同一样，对合同有效期内发生的涉及签约当事人利益的法律问题，该协议仍是处理相关争议的基本依据。只是需要明确，这种争议应是公司设立期间而不是公司成立后的行为所发生的争议，争议所涉及的利益应是签约发起人的个别利益，而不是公司的整体利益。

公司设立协议主要条款内容

1、设立人的基本情况；

2、拟设立公司基本情况，如公司名称、住所、注册资本和经营范围等；

3、设立人的出资数额、出资比例、出资方式、出资的缴付期限、所占股权比例、股权的转让规定等；

4、设立人在设立过程中的权利和义务；

5、公司设立不成功时的费用承担；

6、设立人对特定信息的保密约定；

7、设立人协商确定的约束股东特定行为的条款，如竞业限制等；

8、违约责任条款；

9、解除协议条款和争议解决条款；

10、公司利润的分配。