纳税检查一般分为准备、检查和总结3个步骤：

第一步：做好检查前的准备。这是检查工作能否顺利进行的前提。准备工作做得充分，就可以用较少的人力，在较短的时间内弄清情况，查明问题，收到事半功倍的效果。

第二步：开展检查。从检查人员进入纳税单位起，就进入了检查的阶段。这一步是纳税检查的中心环节，大量的查询、核对计算、调查核实的工作都在这一阶段进行。纳税单位有无违反税收政策、法规，违反财经纪律，偷税和滞纳税或错纳税的问题，都要在这一结算基本查清。

第三步：总结落实。总结落实是纳税检查的最后阶段。包括写出书面检查报告，办理退补税手续，辅导调整帐目和整理资料归档等。同时，应根据纳税单位存在问题，采取措施，改进税收征管工作，协助企业改善管理，加强经济核算，提高经济效益。