1、概念的不同

甲类的药物是指全国基本统一的、能保证临床治疗基本需要的药物。这类药物的费用纳入基本医疗保险基金给付范围，并按基本医疗保险的给付标准支付费用。乙类的药物是指基本医疗保险基金有部分能力支付费用的药物，这类药物先由职工支付一定比例的费用后，再纳入基本医疗保险基金给付范围，并按基本医疗保险给付标准支付费用。

2、报销范围不同

甲类药指100％属于医保支付范围的药品，乙类药指要先自付一定百分比，剩余部分属于医保支付范围的药品。

3、包装和安全性不同

甲类的otc标识为红色标记，乙类的otc标识为绿色标识。这两类的主要划分标准是基于安全性。总体上能归结为otc均为安全性经过验证良好的制剂。相对来说乙类的安全性更好，而甲类的安全性需要进一步验证。甲类药品otc甲类与乙类之间是可以互相转化的。甲类如果经过一段时间的使用，证明安全性高，是可以重新批准为乙类的。过去批准的乙类品种如果发现安全性不能确保，也可以改成甲类的。当然otc目录是定期要进行调整的。

4、价格不同

甲类药品是临床治疗必需的，使用广泛、疗效好，同类药品中价格较低的药品；由国家统一制定，各地不得调整，使用“甲类药品”所发生的费用，按基本医疗保险的规定支付。乙类药品是可供临床治疗选择使用，疗效好，同类药品中比“甲类”药品价格略高；乙类药品由国家制定，各省、市、区根据当地经济水平、医疗需求和用药习惯适当进行调整，但不能超过国家制定乙类药品总数的15％，与医保无关的费用即所谓的丙类费用全部由现金支付。

甲类和乙类传染病上报时限分别为

甲类传染病报告时限于2小时，乙类传染病报告时限于24小时。不具备网络直报条件的医疗机构及时向属地乡镇卫生院、城市社区卫生服务中心或县级疾病预防控制机构报告，并于24小时内寄送出传染病报告卡至代报单位。对甲类传染病和乙类传染病中的肺炭疽、传染性非典型肺炎等按照甲类管理的病人或疑似病人以及其他传染病和不明原因疾病暴发的报告信息，应立即调查核实，于2小时内通过网络完成报告信息的三级确认审核。

《中华人民共和国社会保险法》

第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。

第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。

第三十条下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：（一）应当从工伤保险基金中支付的；（二）应当由第三人负担的；（三）应当由公共卫生负担的；（四）在境外就医的。医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。

第三十二条

个人跨统筹地区就业的，其基本医疗保险关系随本人转移，缴费年限累计计算。