建设工程分包合同纠纷可以按照以下方法处理：1、双方当事人对于分包合同有约定仲裁协议的，因履行分包合同发生纠纷的，当事人应当去仲裁委员会申请仲裁，由仲裁委员会对纠纷作出裁决；2、双方当事人未约定仲裁协议的，只能去人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对纠纷作出判决，人民法院审理后，应当按照相关规定对纠纷作出判决。

分包合同纠纷处理方式

1、协商。合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。

2、调解。合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。

3、仲裁。合同当事入协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。

4、诉讼。如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。除了上述一般特点之外，有些合同还具有其自愿的特点，如涉外合同纠纷，解决时可能会援引外国法律、而不是中国相关的合同方面的法律。

《中华人民共和国仲裁法》第二十一条当事人申请仲裁应当符合下列条件：

（一）有仲裁协议；

（二）有具体的仲裁请求和事实、理由；

（三）属于仲裁委员会的受理范围。

《中华人民共和国仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。