发明专利申请的驳回既可以是国家知识产权局初步审查且申请人陈述意见或者修改后予以驳回，也可以是在经过实质审查且申请人陈述意见或者修改后才予以驳回。

经过实质审查，审查员认为申请存在实质性缺陷不能授予专利权的，将给申请人至少一次陈述意见和/或进行修改申请文件的机会。如果申请人在指定的期限内未提出有说服力的意见和/或证据，也未对申请文件进行符合专利法及其实施细则规定的修改，或者修改后的申请文件中仍然存在足以用已通知过申请人的理由和证据予以驳回的缺陷，则审查员可以作出驳回决定。这些实质性缺陷包括：

(1)发明专利申请的主题违反国家法律、社会公德或者妨害公共利益，或者申请的主题属于《专利法》第25条规定的不授予发明专利权的客体;

(2)申请的发明不具备新颖性、创造性和实用性;

(3)发明专利申请没有充分公开请求保护的主题，或者权利要求未以说明书为依据;

(4)申请不符合专利法关于发明专利申请单一性的规定;

(5)申请的发明根据"先申请原则"不能取得专利权，或者申请不符合"一发明一专利"原则;

(6)发明专利申请的主题不符合《专利法实施细则》第2条关于发明的定义;

(7)权利要求书没有清楚、简要地表述请求保护的范围，或者独立权利要求缺少解决技术问题的必要技术特征;

(8)申请的修改或者分案的申请超出原说明书和权利要求书记载的范围。

驳回决定包括专用表格和驳回决定正文两部分。专用表格主要记载申请人的姓名或者名称、申请号、发明创造的名称等。

驳回决定正文包括案由、驳回的理由以及决定三个部分。案由部分应当简要陈述申请案的审查过程，特别是与驳回决定有关的情况，即历次的审查意见(包括所采用的证据)和申请人的答复概要、申请所存在的导致被驳回的缺陷以及驳回决定所针对的申请文本。在驳回理由部分，审查员应当详细论述驳回决定所依据的事实、理由和法律根据。在决定部分写明驳回的理由，并根据《专利法》第38条的规定引出驳回该申请的结论。

驳回决定一经发出，除要求更正因国家知识产权局工作失误而造成的专利文件中出现的错误和要求改正错别字的信函外，申请人的任何呈文、答复和修改均不再予以考虑。