养殖土地使用权证办理流程：

（1）申请登记。由用地者到市国土资源局地籍科填写土地登记申请书，提交申请人身份证或户口簿和建设用地许可证，建筑许可证，房产证等土地权属来源证明文件。

（2）地籍调查。由国土资源局派人到实地调查，全面核实土地登记申请的内容，计算宗地面积，绘制宗地图。

（3）权属审核。由国土资源局专职人员对申请登记的土地权属性质、用途权属来源、宗地面积等进行审核。

（4）注册登记。填写《土地登记卡》、《土地归户卡》和《土地使用证》。

（5）颁发土地证书。申请人凭身份证和《土地使用登记收件单》，领取《土地使用证》。

养殖用地改变用途怎么处理

用地单位须严格按照市国土资源局批准的先行用地红线范围施工，超出批准范围用地的，按违法用地论处。根据国土资源部制定的《全国土地分类》和《关于养殖占地如何处理的请示》规定：养殖用地属于农业用地，其上建造养殖用房不属于改变土地用途的行为，占用基本农田以外的耕地从事养殖业不再按照建设用地或者临时用地进行审批。应当充分尊重土地承包人的生产经营自主权，只要不破坏耕地的耕作层，不破坏耕种植条件，土地承包人可以自主决定将耕地用于养殖业。

《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》

第一条为稳定和完善农村土地承包关系，维护承包方依法取得的土地承包经营权，加强农村土地承包经营权证管理，根据《中华人民共和国农村土地承包法》，制定本办法。

第二条农村土地承包经营权证是农村土地承包合同生效后，国家依法确认承包方享有土地承包经营权的法律凭证。

农村土地承包经营权证只限承包方使用。