(1)犯罪客体不同。

妨害公务罪侵害的客体是法院之外的其他国家机关工作人员依法执行职务的正常活动;而拒不执行判决、裁定罪侵害的是法院判决、裁定的权威。

(2)客观表现行为方式不同。

妨害公务罪必须是以暴力或威胁的方法才能构成，且侵害的对象必须是正在执行职务的国家工作人员;而拒不执行判决、裁定罪的构成，不要求必须有暴力、威胁的行为方法，只要是妨碍了法院判决、裁定的正常执行，情节严重的行为，即构成拒不执行判决、裁定罪。

司法实践中，对于以暴力、威胁方法阻碍法院工作人员依法执行判决、裁定的，既构成拒不执行判决、裁定罪，同时也触犯妨害公务罪，这种情况属于法条竞合，应依照法条竞合的处理原则——特别法优于一般法的原则处理，定拒不执行判决、裁定罪;如果不是妨害判决、裁定的执行，而是以暴力、威胁方法阻碍法院工作人员执行其他职务活动，或者虽然是阻碍法院执行判决、裁定，但阻碍行为本身在客观上和行为人主观意志上都与某一判决、裁定的执行没有联系，则应定妨害公务罪。

(3)主观故意内容不同。

妨害公务罪的故意内容是明知国家工作人员依法执行职务而以暴力、威胁方法进行阻挠，因此，一般只有直接故意才能构成该罪;而拒不执行判决、裁定罪的故意内容，是明知法院判决、裁定已发生法律效力而予以抗拒执行，其抗拒执行的方法既可以是作为的形式，也可以是不作为的形式，所以，拒不执行判决、裁定罪既可由直接故意构成，也可以由间接故意构成。