首先，关联交易可能侵害中小股东的利益。中小股东对公司经营的影响很小，他们的利益也最容易受到侵害。如上市公司的母公司利用其融资套现，募集资金后又通过关联交易将资金转移出上市公司;又如母公司将其某些资产卖给上市公司而不管这些资产对其是否有利;再如为保证配股权，上市公司通过虚假销售，虚增利润编造业绩，这些都是对中小股东的欺骗和侵害。

其次，关联交易可能侵害债权人的利益。公司具有资合性的特点。其中，股份有限公司是典型的资合公司。其资产是对外承担责任的唯一保证。如果关联企业通过关联交易侵吞公司资产或利用公司为其债务担保，就会使公司资产减少或处于高风险状态，从而令债权人债权无保障，破坏交易安全。

再次，关联交易可能侵害公司自身的利益。大量的关联交易会使公司的经营丧失市场独立性而过分倚重关联企业的扶持，这不利于公司的长远发展。此外，如果出现利用关联交易侵吞公司资产、利润的情况，将对公司造成更大的伤害。

第四，关联交易可能造成国有资产的流失。原国有企业经改制成为股份公司上市后，保留了大量的非流通国有股，在借壳、买壳上市的企业重组、购并风潮中，转让国有股是一个经常采用的方式。在某些产权转让的交易中，价格明显过低，这显然会损害国家利益，导致国有资产的流失。另外，为包装上市公司，提高其业绩，作为控股股东的国有企业，有的不惜牺牲自身利益，同上市公司进行输血式的关联交易，间接地损害国家利益。

第五，关联交易可能破坏我国的税收制度。利用关联交易转移利润，这是企业避税的一个常用手段。如通过关联交易将利润从高税率企业转移至低税率企业，确保集团整体税赋最低。这种行为无疑破坏了国家的税收制度。