公司股权确认纠纷是指公司股东、公司之外的第三人之间对公司的股东资格身份和持股比例产生争议，从而要求人民法院对公司上述争议进行裁判而发生的纠纷。

依照我国公司法规定，成立公司应由股东签订协议，足额出资，经工商部门批准登记，才能说在法律上是有效的，因此，在设立公司的过程中会有许多法律文件对公司的股东身份、持股比例进行明确，成为公司股权确认的主要证据，如公司股东发起人协议、公司章程、出资证明书、股东会会议纪要、公司经营过程中形成的决议文件、公司股东名册、工商部门登记文件等，这些都可作为判断是否享有公司股权的证据。

至于司法裁判标准，也从过去只以工商部门登记文件为准的原则过渡到现今的内外有别的原则，也就是说在审查标准上不再一律以工商部门登记中注明的股东作为确认股权归属的标准，而是从形式上的审查到实质上的认定，如果公司的股权确认不牵涉纠纷当事人、公司之外的第三人，法院会对上述证据进行综合判断，再根据案查明的事实作出裁判；如果牵涉第三人，则会从维护社会交易稳定和公平原则出发，以工商登记部门的文件为准作出判决以维护第三人的合理信赖利益。

涉及公司与股东的，以股东名册为准，上面登记的股东可向公司主张权利，即在没有相反证据时，股东名册就是股东资格的证明。实质上的权利人在尚未完成股东名册登记或者名义变更前，不能向公司主张股东权利。

涉及股东间关系时，股权确认一般应审查出资证明、股东会决议等股东实际投资及股东间关于股权安排的真实意思表示等相关事实。