医疗事故处理原则包括公开、公平、公正原则、程序公正原则等，处理的过程要符合程序。就公开、公平、公正三者而言，公开是公正的保障原则、公正是公平的基础原则。

(1)公平首先体现在医患双方在处理过程中的地位平等，任何一方没有额外的特权。其次，体现在权利与义务的统一。例如条例赋予了医疗机构予以诸如死亡病例讨论记录、疑难病例讨论记录、上级医师查房记录、会诊意见、病程记录等特定资料的保管权，同时也规定了医疗机构无正当理由未依照条例的规定如实提供相关材料，导致医疗事故技术鉴定不能进行所应承担的医疗事故责任。再者，在适用法律上必须体现公平。不能针对同一个争议事实对医患双方适用不同的法律。公正适用法律包括程序公正和实体公正。

(2)程序上的公正是保证实体公正的前提，在医疗事故处理中，程序公正具有特殊的意义。比如，条例规定了医疗事故技术鉴定专家库的组成以及鉴定专家应当从专家库中随机抽取等程序规定，目的是保证专家可以不受外部干扰，客观地进行鉴定。通过随机抽取这种程序机制达到公正鉴定进而公正处理的目的。实体上的公正，就是证据适用和法律适用的公正。

(3)在处理医疗事故争议时，必须按照法律法规的规定搜集证据，并在证据的基础上适用法律法规规定的相应条款。只有如此，才能保证正确处理。公开尽管是形式上的要求，但具有实质上的意义。按照法制原则，内部的规定不能调整外部的法律行为。也就是说，内部规定、文件不能作为司法机关判案和行政执法机关实施行政处罚的依据。在处理争议时，要采取公开的方式，即公开程序、证据内容、适用的法律。