将合法的建筑当成违法建筑拆除的，是属于侵犯公民财产权利的行为，当事人可以向法院提起行政诉讼维护自己的利益，也可以申请国家赔偿。

一、违章建筑拆除程序

违章建筑拆除程序：根据违法建筑作出限期拆除决定书，让当事人自行拆除；如果当事人不自行拆除，需要对当事人进行催告；经过催告之后仍不自行拆除且不进行复议或诉讼，执法人员可以进行强制拆除；在实施之前，需要出示证件，通知被强制执行人到场并且签字，允许其进行陈述申辩并且将物品清除出去，才可以进行拆除。

二、违章建筑的赔偿是怎么赔偿的呢？

如果是在批准的期限内拆除临时建筑物，是不会给予相应的补偿的。违法建筑商对违法建筑使用的材料拥有合法的产权。因此，并不意味着拆除违章建筑所用的材料没有得到补偿。如果是因为不可抗力致使该临时建筑物不能在批准期限内拆除的，拆迁人在拆除违法建筑时，应当按照国家或者地方的标准对违法建筑者进行补偿。

三、历史遗留在当地的违建怎样处理

（一）允许存量型“违法建设”进行不动产登记

允许历史遗留的“违法建筑”进行不动产登记，一方面是保证其暂存期间与合法房屋在登记义务方面的一致性——只有经过登记，缴纳登记费用，才能够对房屋进行占有、使用、收益；另一方面，则是利于“违法建筑”在新一轮城市建设中的“情况查明”。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条第二款的规定，市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。那么，通过存量型“违法建设”的事前登记，无疑将对具体征收过程中的调查工作提供很大便利。

另外，对于违法建设行为人来说，不动产登记则能够确定其对建筑物的财产权利边界。由于允许历史遗留“违法建筑”暂存，在暂存期间，建设行为人的财产归属权益是被默许为合法的，故而这种权利的确认也将增加其财产安全系数。

（二）增加存量型“违法建筑”的纳税义务

为与前述一项制度构建相匹配，还应当增加存量型“违法建筑”的纳税义务。在国外以及我国台湾、澳门等地区均存在这种操作路径。向违法建设行为人征税，一方面有助于合法建筑税赋公平及市场正常秩序的建立，避免不诚信者、违法者得利的“冤大头”现象，另一方面也将潜在的违法建设行为人考量税收之经济负担，抑制其建设热情，从而达到遏制违法建设行为新增的目的。