恶意拖欠工程款能否起诉刑事责任取决于：

1、恶意拖欠工程款是民事纠纷，不是刑事案件，不能起诉要求对方承担刑事责任；

2、一方恶意拖欠工程款的，另一方可以先协商，再收集证据向法院提起诉讼，等待法院判决后申请法院强制执行；

3、如果债务人是有资质的企业，有一定的经济风险承受能力，会选择通过诉讼追偿债务。

恶意拖欠工程款如何处理

恶意拖欠工程款可以通过协商或诉讼的方式来解决。工程款拖欠会带来较多的社会问题，具体表现在：

1、农民工的工资拖欠，影响社会稳定。我国政府前几年在春节前都要帮农民工讨工钱，表面看是施工方拖欠，其实，更深层次的原因是业主方拖欠工程款。业主拖欠施工单位的，施工单位就没钱付工资。所以每到年末，多数被拖欠的承包商感到年关难过，有时还会到银行贷款，支付民工工资，以缓解舆论压力。

2、严重影响到企业的运作，破坏建筑行业的经济秩序。垫资承包（我国虽明令禁止，但还是较多），占用到企业大量的流动资金，以致周转不灵，员工工资拖欠，设备维修成问题，有的企业还因此而倒闭。

《中华人民共和国民事诉讼法》第三条人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。