根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施细则的规定，个人对企事业单位的承包经营、承租经营所得，是指个人承包经营、承租经营以及转包、转租取得的所得，包括个人按月或者按次取得的工资、薪金性质的所得。因此，对贵公司的情况，建筑工程企业发的属于职工福利的1000元，应属于签订工程承包合同的个人承包经营、承租经营所得，按对企事业单位的承包经营、承租经营所得计算缴纳个人所得税。属于职工福利的1000元不属于工程承包款，我们理解此1000元不应计缴营业税。对于贵公司所在地开具劳务费发票按照综合税率4.74%扣缴税款，我们没有查到相应的规定，具体执行请咨询当地主管税务机关。