合同瑕疵引发的工程款纠纷主要表现为：

承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的、没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的建设工程施工合同引发合同无效纠纷。

如果发包方已经进行了竣工验收并合格，或者虽未竣工验收但发包方已经实际使用了建设工程，则承包方可以依法要求支付工程款。

一、实际出资人能否突破合同相对性

通常情况下合同主要是在合同当事人之间发生法律效力。合同主体、内容以及合同责任的相对性原则决定了只有合同当事人一方才能基于合同向对方提出请求或者提起诉讼。在现实的建筑市场中，时常出现一些没有资质的个人借用有资质的建筑施工企业名义与发包方签订建设工程施工合同，以挂靠形式进行实际施工的情况。根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》之规定，签订的建设工程施工合同认定无效。合同无效但建设工程竣工验收合格，实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以受理，发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。本案中，李某显然是借用其他有资质的建筑施工公司进行施工。李某虽然不是建设工程施工合同的相对方，但作为实际出资人，在建设工程经竣工验收合格并投入使用的情况下，李某仍有权向发包方主张权利，要求对方支付尚欠的工程款，发包方并不能以李某不是合同当事人为由进行抗辩拒绝履行付款义务。

二、借用资质工程款怎么要

所谓借用资质，就是没有资质或者资质等级不符合建设工程资质标准的企业或者个人，以有资质或者资质等级标准与承包工程相符的施工企业的名义签订建设工程施工合同。合同签订后，名义上的工程承包人并不实际组织施工，而是在收取一定数量管理费的前提下，将承揽的工程交由无资质或者资质等级低的企业或者个人完成。借用资质承揽工程的常见情形包括：挂靠、联营、内部虚有承包、将包工头聘为承包人的项目经理等。

建设工程施工合同无效，但建设工程竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。依照这个规定，很显然由于出借资质的企业与建设单位订立的合同是无效合同，因此不可能据此来请求支付工程价款，要求建设单位支付工程价款的请求权只能是基于客观在借用资质的承包人与建设单位之间形成的事实合同，依照该规定，由于出借资质的企业与建设单位订立的合同是无效合同，因此不可能据此来请求支付工程价款，要求发包方支付工程价款的请求权只能是基于客观在借用资质的施工单位与发包方之间形成的事实合同，因此施工单位参照合同约定支付工程价款，人民法院应予支持，也就是说请求参照合同约定来支付工程价款是承包人的法定权利，此时发包人如果提出要求按实结算，通常情况下得不到法院的支持。如果实际施工人一定要求按实结算当然也可以，但此时视为承包人放弃参照合同约定结算工程价款的权利。

三、个人跟公司签工程合同有效吗

公司与个人签订的工程承包合同是无效的。

建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当认定无效：

1、承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；

2、没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；

3、建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。