政府采购合同纠纷可以仲裁。《仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。第三条下列纠纷不能仲裁：（一）婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷；（二）依法应当由行政机关处理的行政争议。

政府采购合同纠纷处理

1、协商。合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。但是协商往往难以达成，并且协商达成的协商只是新的一种合同，没有强制执行力，当事人容易反悔。

2、调解。合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解。如一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。

3、仲裁。合同当事入协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。仲裁具有一裁终局的特定，并且仲裁一般不公开审理，双方当事人可以选择仲裁员，仲裁较诉讼比较有效率。

4、诉讼。如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。

《中华人民共和国仲裁法》

第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。