耕地占用税减免审批权限在各级政府之间的分配。耕地占用税的减免，必须按有关规定严格审批，不得越权审批。为严格执行减免政策，从严控制减免范围，财政部于1990年8月1日发布的《关于耕地占用税减免管理的暂行规定》中明确，对耕地占用税的减免，除执行暂行条例已有的规定外，还应按以下审批权限进行：

（1）占用耕地1000亩以上的，报财政部批准，并报省、自治区、直辖市人民政府备案。

（2）占用耕地30亩以上、不足1000亩的，报省、自治区、直辖市人民政府批准，并报财政部备案。

（3）占用耕地3亩以上、不足30亩的，报地、市、自治州人民政府批准，并报省、自治区财政厅备案。

（4）占用耕地不足3亩的，报县（市）人民政府审批，并报上一级财政局备案。

（5）计划单列市耕地占用税减免审批权限，按照同级土地管理部门占用耕地的审批权限确定，由计划单列市财政局审核后，报同级人民政府批准，并报财政部备案。