合同被认定无效后税款一般是要进行返还的，税法上的一条重要原则是实质课税原则，实质课税原则要求在特殊的情况下，私法关系的变化要求税法关系做相应的调整，以保证个案的公正和量能课税原则的实现，尤其在合同无效、被撤销或解除的情况下。但合同无效时，税款是否必然返还，则取决于合同无效、被撤销和解除所带来的税法上的经济和法律后果。

这里需要区分法律行为和事实行为两种情况，如果课税的基础是事实行为，那么合同效力对于税款征收行为没有影响。如果课税的基础是法律行为或法律行为的效果，还要区分两种情况：

第一，合同无效，但在当事人间作为有效加以履行或无法回复原状，其经济上的效果维持存在时，则合同无效不影响已成立的税收之债的效力，不产生税款退还的法律后果；

第二，合同无效，且当事人之间互相返还财产，则据以课税的经济基础不再存在，因此缴纳的税款应当退还。总之，根据实质课税原则，合同有效无效不是决定税款应否退还的关键，合同无效所产生的经济效果才是关键。

一、合同无效法定理由有什么？

有下列情形之一的，可认定合同或者部分合同条款无效：

(1)一方以欺诈、胁迫的手段订立的损害国家利益的合同；

注意：一方以欺诈、胁迫手段订立的合同，属于意思表示不真实的合同，一般属于可变更或撤销的合同，只有在损害了国家利益时，才属于无效合同。

(2)恶意串通，并损害国家、集体或第三人利益的合同；

(3)合法形式掩盖非法目的的合同；

(4)损害社会公共利益的合同；

(5)违反法律和行政法规的强制性规定的合同；

(6)对于造成对方人身伤害或者因故意或重大过失造成对方财产损失免责的合同条款。

(7)提供格式条款一方免除责任、加重对方责任、排除对方主要权利的条款无效。

无民事行为能力人实施的或者限制民事行为能力人依法不能实施的民事行为为无效民事行为。因此，主体不合格也可能导致合同无效，

(a)

无民事行为能力人、限制民事行为能力人订立合同且法定代理人不予追认的，该合同无效。其例外情况是：纯获利益的合同和与其年龄、智力、精神健康状况相适应而订立的合同，不需追认，合同当然有效。

(b)法定代理人不合格且相对人有过失而成立的合同，该合同无效；

(c)法人和其他组织的法定代表人、负责人超越权限订立的合同，且相对人知道或应当知道其超越权限的，该合同无效。