双方可以协商处理。

该条款明确了土地承包经营权的公式对抗主义，登记对抗善意第三人。也就是说，双方对互换土地原享有的承包权利和承担的义务相应互换，当事人可以要求办理农村土地承包经营权证变更登记手续。不登记，不影响土地承包经营权的变更。但是在遇到征地后，没有到村委会办理变更手续的话，补偿款由原承包户获得。当然，如果办理了变更手续，补偿款就由变更后的权利人享有。

所以，为了完整的享受土地权利，互换土地承包经营权的农民们，一定要去村委会申请办理变更登记手续，以避免不必要的纠纷和损失。

一、土地互换的概念

土地互换是指承包方之间为方便耕作或者各自需要，对属于同一集体经济组织的承包地块进行交换，同时交换相应的土地承包经营权。农村土地可以互换，但是要签订互换协议。农村土地承包经营权互换后，互换双方都要按互换协议执行。

二、土地互换会出现的问题

互换从表面上看是地块的交换，但从性质上看，是由交换承包的土地引起的权利本身的交换。权利交换后，原有的发包方与承包方的关系，变为发包方与互换后的承包方的关系，双方的权利义务同时做出相应的调整。如果互换后的权属不明确，那么就会出现互换双方对权利的争夺和对义务的推脱等情况，不利于集体之间的和谐。

再者，由于承包地分布地区与地形不同，缺乏合适的测量工具，互换承包地常出现面积不等等问题。在征地拆迁的时候，为了得到更多利益述求。互换承包地获利较少或无获利的一方，往往会要求取得原承包地的征地补偿款。这时候，双方就会因谁是土地上的权利者，谁有权获得补偿款而产生纠纷。