新的企业所得税法第一条即规定个人独资企业、合伙企业不适用企业所得税法，意即合伙企业在所得税处理上仅适且个人所得税法。

而2006年修订的《中华人民共和国合伙企业法》第二条规定：合伙企业是指自然人、法人和其他组织依照本法在中国境内设立的普通合伙企业和有限合伙企业，修订增加了有限合伙企业这一企业组织形式。试对两种合伙企业相关所得税处理分析如下：

一、普通合伙企业的所得税，由于普通合伙企业的合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任，而我们知道无论是有限责任公司(包括一人有限责任公司)还是股份有限公司都是承担有限责任的公司法人，即公司以其法人全部财产对公司的债务承担有限责任，因此公司制法人是不可以成为普通合伙企业的合伙人的。推而广之其他组织中属于负有限责任其他组织也不可以成为普通合伙企业的合伙人。而我们知道新颁布的企业所得税法所约束的纳税人均为法人性质的纳税人，可见普通合伙企业的合伙人只能是适用个人所得税的自然人或不具有法人性质的其他组织。

由于合伙企业的个人所得税实行的是先分后税计算办法，如果普通合伙企业分配利润的话，那么普通合伙企业的合伙人取得的系个人所得税后利润，鉴于税不重征原则是不需要再次并入该合伙人的其他应征个人所得税所得的。

二、特殊的普通合伙企业所得税，所谓特殊的普通合伙企业系指以专业知识和专门技能为客户提供有偿服务的专业服务机构，其主要特征为一个合伙人或者数个合伙人在执业活动中因故意或者重大过失造成合伙企业债务的，应当承担无限责任或者无限连带责任，其他合伙人以其在合伙企业中的财产份额为限承担责任，比如合伙性质的会计师事务所、税务师事务所、律师事务所等，由于这种特殊的普通合伙企业仍然属于普通合伙企业的概念，即每个合伙人都可能负有承担无限责任或无限连带责任，因此对于特殊的普通合伙企业的合伙人在取得合伙企业个人所得税后分配利润后仍不必将此利润并入其他应税所得计算个人所得税。

三、有限合伙企业的所得税，有限合伙企业指至少包括一名普通合伙人的由负有限责任的有限合伙人与负无限责任的普通合伙人共同组成的合伙企业，在这种企业中由普通合伙人执行合伙事务，而有限合伙人仅以其认缴的出资额承担责任，因此有限合伙企业的普通合伙人分得的有限合伙企业个人所得税后利润不必并入其其他应税所得计算个人所得税，而有限合伙企业的有限合伙人取得的有限合伙企业税后利润就是属于企业所得税法所规范的股息、红利等权益性投资收益，根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第83条所指免税的权益性投资收益仅指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行且上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。由于居民企业并不包括普通有限合伙企业，因此对于有限合伙人取得的有限合伙企业税后利润显然不属于企业所得税法所规定的免税范围，无疑这里就存在一个个人所得税与企业所得税的重复征税问题。即有限合伙人取得的利润在交纳一笔个人所得税后还得并入有限合伙人的应纳企业所得税所得再征一道企业所得税。由于合伙企业适用的边际税率高达35%，要高于企业所得税的25%平均税率，在如此高的个税税率情况下再重复征收同为所得税性质的企业所得税显然对于有限合伙企业的发展是个不利因素。

因此笔者建议对于居民企业直接投资于有限合伙企业取得的股息红利等权益性投资收益也应以法规或规章的方式予以免税，以促进有限合伙人这一企业组织方式的发展。