基本医疗保险在支付住院费用时，在要扣除起付金(相当于商业保险的“免赔额”)后，由统筹基金按比例支付(俗称“报销”)剩余的医疗费用至限额。

基金的支付不是一个固定比例，而是根据一个统计年度中(每年元月1日至12月31日)住院的次数(根据基金支付次数计算，即没有报销的住院不计算住院次数)、所住医院的级别(我国医疗机构按规模等分为一级、二级、三级和特级)、医疗费花费情况和参保人情况等因素确定。

具体支付比例见下表：

不同人员在不同级别医院医疗费用自付比例

三级医院

二级医院

一级医院

在职

退休

在职

退休

在职

退休

起付标准金额至5000元

5000元至10000元

10000至支付最高标准

超过起付金的医疗费用在计算时，还要扣除在诊疗过程中使用的超出基本医疗保险药品、诊疗项目目录的内容和已规定需要增加自付比例的药品和项目的费用。所以实际报销金额会低于用医疗总费用乘以一个比例计算的结果。