1.合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。

2.被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。

3.被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。

一、企业吸收合并后的合同怎么办

根据我国《公司法》的相关规定，合并前签订的合同由被合并公司继承，由被合并公司履行。根据《中华人民共和国公司法》第一百七十三条中对企业合并的规定，企业合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表和资产清单。《中华人民共和国公司法》第一百七十三条：公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。

二、被兼并方的股东的股份如何确定

1、增资与股权转让

在开始合并之前，合并各方首先根据确定的标准评估各自的市场价值，明确各股东的股权比例。

各公司将未分配利润及部分资本公积、盈余公积转增公司注册资本。

这样合并之后根据工商行政管理机关的计算方法将会接近各方确定的股权比例，差额部分通过股东之间的股权转让进行调整，股权转让的价格可以是零元，也可以是各方确定的一致的价格。

2、以股份有限公司作为吸收合并的存续方

对于两个有限责任公司之间的合并，要想增加合并后企业的注册资本，并接近于各方均能接受的股权比例，可以先将拟存续的企业变更为股份有限公司。

有限责任公司变更为股份有限公司的，折合的实收股本总额将接近于公司的净资额。

然后，被吸收的公司的股东亦以公司净资产额来计算其在合并后的股份有限公司的股本数。股份比例如有差额，可以通过股份转让进行调整。