虽然此次《社会保险法》有了众多突破，但也留下了些许遗憾。《社会保险法》回避了两个焦点性的问题，一是社会保险费该由哪个部门来收取的问题;二是制定一部统一的全国性社会保险法问题。

就社会保险费用的收取，目前在全国各地做法不一，有的是由人力资源和社会保障部门负责收取，而有的则是由税务部门负责，这在其他国家是很少见的。社会保险费由不同的部门收取，自然会涉及到不同部门的各自利益，这在一定程度上导致社保资金的管理、支付等环节都可能存在问题。同时，此种模式，也不利于社保资金的监管。

《社会保险法》第七章虽然就社会保险费征缴的问题提出“社会保险费实行统一征收”，但对征收的主体没有明确，只是简单地表述为：“实施步骤和具体办法由国务院规定。”

其次，关于国家公务员以及参照公务员法管理的工作人员的养老保险问题，没能与广大劳动者一视同仁，共同纳入《社会保险法》中。对此问题，前一段时间各类媒体，特别在网络中已吵得沸沸扬扬，主要是因为许多从企业退休的职工，因退休待遇远远低于国家公务员的退休待遇，而导致心理不平衡。新颁布的《社会保险法》虽然没有刻意回避此问题，但还是在第十条婉转地规定，“公务员和参照公务员法管理的工作人员养老保险的办法由国务院规定。”这不能不说是《社会保险法》留下的遗憾。