公司保护小股东利益的做法如下：

一、在股份有限公司章程中明确规定董事、监事选举采用累积投票制。根据公司法，累积投票制不是强制性规定，由公司自由选择适用。累积投票制可以使代表小股东意志的人选进入董事会、监事会，保护小股东利益。股份有限公司的小股东应当争取在章程中明确董事、监事选举中采取累积投票制，这样可以使小股东在董事会、监事会上有一席之地，反映小股东的正当要求。

二、通过对相关概念的界定，更好地保护小股东行使知情权。公司法规定有限责任公司的股东有权要求查阅公司会计账簿。但查阅会计帐簿是否包括查阅会计凭证法律未明确规定。查阅会计凭证是股东知悉公司情况的最重要手段。因此在公司章程中明确股权有权查阅会计凭证，可以有力保护中小股东权益。公司法又规定若公司有合理根据认为股东查阅会计账簿有不正当目的，可能损害公司合法利益的，可以拒绝提供查阅。如果不进行界定“不正当目的”，小股东的正当要求往往被大股东以此理由而拒绝。

三、在董事会和监事会选举中争取职工代表的比例。公司法规定，有限责任公司和股份有限公司董事会成员中可以有公司职工代表。监事会组成中，应当包括股东代表和适当比例的职工代表。在章程中明确规定职工代表担任公司董事和监事的人数和条件。职工代表作为董事和监事，看起来与小股东没有关系，但是职工代表的增加可以削弱和限制控股股东的独断专行。

四、在章程中争取有利于全体股东、董事发表意见和对大股东独断专行行为制约的股东会和董事会的议事方式和表决程序。公司法规定：“股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。”“董事会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。”因此，可以约定股东会、董事会参会人员中小股东到会人数和比例，低于规定人数和比例的，不得召开会议，以此促进表决结果更有利于保护小股东的正当利益。

五、约定董事、监事、高级管理人员对公司应当承担的赔偿责任的具体条件和计算方法。公司法规定：“董事、监事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。”该条法律规定中，第一次把违反公司章程的行为作为董事、监事、高级管理人员承担责任的条件之一。公司法又规定：“公司的控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员不得利用其关联关系损害公司利益。违反前款规定，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任”。如何赔偿，应当有具体的损失计算方法。因此，在章程中应当明确约定董事、监事、高级管理人员对公司、第三人应当承担责任的具体条件和损失的计算方法，以使上述法律规定具有可操作性。

六、在章程中约定控股股东的诚信义务。为了限制和清除因资本多数决原则带来的负面影响，同时也是为了保护小股东，可以考虑在章程中争取约定控股股东负有如下两方面的诚信义务：第一，在股东大会召开和决议过程中，应当保证小股东股东权的行使。第二，股东大会和董事会的决定应当维护小股东的利益。应当在章程中明确，股东大会虽然可以根据多数股东的意思作出决议，但是，应当确保公司的决议不侵犯小股东的利益。