1、具体流程要分情况：

（1）是还未变更证照的企业该如何注销。在过渡期间如果企业还没有进行“三证合一、一照一码”营业执照的更换，那么企业在进行企业注销时，按照原规定进行办理企业注销程序。

（2）是已经变更的公司该如何注销。在“三证合一”后新成立或变更证照的企业，在办理注销登记时，须先向税务主管机关申报清税，填写《清税申报表》。企业可向国税、地税任何一方税务主管机关提出清税申报，税务机关受理后应将企业清税申报信息同时传递给另一方税务机关，国税、地税税务主管机关按照各自职责分别进行清税，限时办理。清税完毕后一方税务机关及时将本部门的清税结果信息反馈给受理税务机关，由受理税务机关根据国税、地税清税结果向纳税人统一出具《清税证明》，并将信息共享到交换平台。

2、税务机关在处理纳税人清税申报时，如税务机关指出纳税人存在疑点时，企业可以通过提供税务中介服务机构出具的鉴证报告以示企业自身无疑。

一、公司注销后债权债务怎么办

公司注销是指当一个公司宣告破产，被其它公司收购、规定的营业期限届满不续、或公司内部解散等情形时，公司需要到登记机关申请注销，终止公司法人资格的过程。

公司依法定程序进行注销，要成立清算组进行公告清理债权债务，如果经公告，在45天内，债权人没有申请债权视为自动放弃。如果没有公告，没有进行清算，由股东来承担法律责任。

可以查工商档案，档案中应该有该单位债权债务承受人，否则工商部门不会核准注销的。可以要求债权债务承受人承担责任。

二、公司注销登记的注意事项

1、自清算结束之日起30日内，申请注销的公司需要向公司登记机关申请注销登记。如果企业不正常注销的话，第二年不年检会被视为自动注销。被吊销企业法定代表人、股东会被工商局列入黑名单，可能在3年内无法使用自己的名字再注册公司，个人信用记录不良将保持7年，而且要被罚款。

2、债权人通知及公告注意事项：

清算组应当自成立之日起10日内通知债权人，并于60日内在报纸上公告。在申报债权期间，清算组不得对债权人进行清偿。建议保留送达回执及载明公告内容的报纸。

3、合法安置劳动者。

注销公司不属于合同约定的或法律规定的终止劳动合同的情形，如果需要解除劳动合同，应当按照合同约定的及我国劳动合同法的相关规定，对劳动者进行经济补偿，具体情况视合同内容及劳动者实际情况各有不同。