一、首先，办理纳税人携带注销税务登记资料到当地的办税服务厅提交注销申请，领取填写《清税申报表》，若是在当地有缴纳企业所得税的纳税人还须填制《中华人民共和国企业清算所得税申报表》(以及附表)。该部门人员核对各项资料之后将其推送到相关的注销检查的相关职能部门，同时将该纳税人的清税申请信息提交给主管的地方税务局。

二、其次，税务检查部门在确定申请纳税人没有重大的违法行为之后，将检查报告发回给办税服务厅。办税服务厅将国税部门的检查结果录入税收征管系统，之后传递到主管的地税局，并且通知该申请的纳税人将存在的应纳税款、多退(免)税款和滞纳金、罚款等款项全部结清。纳税人携带发票领购簿、未开具的空白发票与税控设备到办税服务厅，窗口工作人员把已经开具的发票验旧、没有开具的发票缴销、收回发票的领购簿和税控设备，来确保票款两清无遗漏。

三、最后，部门税务人员按照国税、地税的清税结果，确认纳税人已结清所有税务事项之后，把纳税人在税收征管系统内的信息做注销处理，并且向纳税人出具《清税证明》，此证明为一式三份，纳税人一份，其可以凭《清税证明》去办理工商登记注销。税务机关将同时将清税信息推送到工商、质检、国税喝地税等相关部门的信息共享交换平台中。

已取得“三证合一、一照一码”企业的税务注销流程就此结束。至于纳税人签署的委托划款协议、防伪税控等服务单位之间的业务往来，只要纳税人在税务局注销了税务登记，就不需要再与服务单位交涉了。