对于已修建好的但未经合法审批的基本农田建房，主管机关可以要求拆除房屋，恢复土地原状。按照《土地法》规定，农田禁止建房。因农业生产需要建生产用房的，需经过主管机关合法审批。对于违建，依法拆除、恢复土地原状。对土地造成严重破坏的，还要追究其他法律责任。

基本农田建房强拆程序

基本农田征用房屋强制拆迁程序应由有关单位申请人民法院执行，即只有司法强制拆迁才算合法。基本农田是指中国按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。2018年11月7日，为落实最严格的耕地保护制度，各级自然资源主管部门加大执法监管力度，严肃查处了一批违法占用、破坏永久基本农田案件。自然资源部向社会通报了10起这方面的案件。

《中华人民共和国土地管理法》

第三十八条农村居民建住宅，应当使用原有的宅基地和村内空闲地。使用耕地的，经乡级人民政府审核后，报县级人民政府批准；使用原有的宅基地、村内空闲地和其他土地的，由乡级人民政府批准。

农村居民建住宅使用土地，不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。

出卖、出租住房后再申请宅基地的，不予批准。

第四十一条城镇非农业户口居民建住宅，需要使用集体所有的土地的，必须经县级人民政府批准，其用地面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准，并参照国家建设征用土地的标准支付补偿费和安置补助费。