就土地储备制度目前实施的情况看来，其存在与《宪法》规定的冲突，表现在：《宪法》第十条第二款规定“国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对土地实行征收或者征用并给予补偿”。

由上述规定可以看出，国家对土地的征收或征用有一个宪法前提，即必须是为了“公共利益”。土地储备项下的土地征用是否都符合“公共利益”？显然，执行该制度而将要征收并储备的土地大部分是出让给商业机构进行房地产开发的，这些土地没有进入工厂建设等经济领域，很多城市政府还征收了城区工厂的土地做房地产开发，而商品房开发显然不是为了“公共利益”。因此，出于储备目的而进行的土地征收，一方面，由于对征收目的也就是土地用途无法确定，使得征收行为有违反宪法的嫌疑；另一方面，如果征收时已经确定了土地用途的公共利益性质，那么储备制度的建立就显得多此一举，何必早早的征而不用储备起来。这种规定实际上将公共利益扩展到了整个经济领域，既包括公益性的，也包括商业性的，导致了土地征用权的滥用。国家土地副总督察甘藏春在一次讲话中说，根据对土地违法案件的统计，非法批地的案件，占涉及土地面积的80%，主要是地方政府和涉及政府违法的案件（《》2007年7月13日）。由于土地所有权流转的单向性、非市场化，在土地储备征收环节很难有公共利益和商业利益的区分，土地征收的“公共利益”宪法条款根本没有适用之余地，《土地储备管理办法》的规定也偏离了宪法条款的本义。