当省级规章与市级法规存在冲突时，应当由省级人民代表大会进行裁决。

因为城市的地方性法规的制定主体为城市人民代表大会，而省级政府规章则属于省级政府的行政立法行为。

在同等层次中，人民代表大会所制定的法律具有更高的地位，并且对于下级人民政府也具有约束力。

《立法法》第一百零六条

地方性法规、规章之间不一致时，由有关机关依照下列规定的权限作出裁决：

（一）同一机关制定的新的一般规定与旧的特别规定不一致时，由制定机关裁决；

（二）地方性法规与部门规章之间对同一事项的规定不一致，不能确定如何适用时，由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定在该地方适用地方性法规的规定；认为应当适用部门规章的，应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决；

（三）部门规章之间、部门规章与地方政府规章之间对同一事项的规定不一致时，由国务院裁决。

根据授权制定的法规与法律规定不一致，不能确定如何适用时，由全国人民代表大会常务委员会裁决。